灵源寺位于东山碧螺峰下、太湖边的陆巷古村旁。据史料记载，梁天监元年由集善高僧始建，灵源寺因灵泉而得名，距今已一千五百多年历史。原寺院规模宏大，占地百亩，僧舍千间，据说，灵源寺与杭州灵隐寺还是姐妹寺，闻名江浙沪。寺院元末被毁，明永乐十二年智昕禅师于废墟中诛茅寻楚，重兴灵源寺。历数二十六年至正统五年，高僧克勤住持续建，寺院规模及香火之盛大为当时东山之最。明宰相王鏊退隐还乡后，在寺院东南建之“可月堂”、“得月亭”等景物。以至清之民国十九年近代名士、国民党元老李根源先生题：“碧螺春晓”、旁建“碧螺春轩”，并书“灵源禅寺”四字石匾。
历代文人对灵源寺情有独种，有诗为证。清孔贞明《入灵源寺》诗云：“古寺在境内，来生人外心。岚光雨余谈，树色门前阴。施食舞山鼠，经马川野禽。问春春已去，苔径石深深。”充分表达了当时山门古木参天，虬枝偃赛，老干纷披，荫蔚蔽日，山鼠野鹤有情，必亦时时前来凭吊。明文征明《宿灵源寺》诗：“夜随钟梵入灵源，一笑虚堂解带眠。旋接僧谈多旧识，偶依禅榻岂前缘。离离松桧摇山月，兀兀楼台宿螟烟，尘句何年传倒此，烛灯试读已茫然。“记述当年-对语僧围烛，尘缘俗虑一时忘的景况。
灵源寺于二十世纪六十年代初被毁，仅存部份殿堂基石，整个遗址改作桔林，而与古寺同龄的罗汉松，虽历经千秋风雨仍依然苍翠茂盛，它既已见证了灵源寺过去的兴衰，又将展望着灵源寺未来的辉煌进步。
2001年2月19日，经批准，灵源寺恢复重建，恢复重建灵源寺以继承和创新的理念，积极倡导传统与时代特点相结合，总体布局以左、中、右三大块，“一区四园”五个功能区。中部为寺院的主体建筑礼佛区，将建有天王殿、大雄宝殿、藏经楼、法堂、念佛堂等建筑；左侧疥为般若园，后为净园；右侧前为菩提园，后为怡心园。整个灵源寺依山顺势，视觉丰富，既有宽敞的殿堂和开阔的空间、绿地和水系，又有僧舍生活区及景点，站在大殿位置，可将太湖风光尽收眼底。