石公寺，原名石公庵，位于苏州金庭镇西山岛上，是太湖第一胜迹石公山景区的一颗璀璨明珠。石公寺始建于何时，尚无详细资料可考，但是按照现存资料推算，至少在明代之前。明代著名孝子姚希孟(万历四十七年成进士，为南都掌院，著有《清閟全书》、《文毅集》。)曾有《石公山记》中记载“行数百武，至石公庵。庵面南，湖涌湍迅，洑在阶墀外，湖之旷而近，诸刹所不及。”
清代著名思想家、文学家龚自珍也曾前往石公寺。1814年，龚自珍留下名人尺牍续集卷九:“余以戊寅岁来游洞庭两山，有纪游诗一卷。庚辰春又游，补前游所未至，得诗不盈卷也。兹录四章，望舟中雅鉴。廉峰先生大坛坫是正，同岁生龚自珍敬状上。”小简后附诗云：“舟到西山岸，寻幽迤逦斜，居然六七里，无境不烟霞，遂发石公寺，言过神女家，云和风静里，已度万梅花。”。
石公寺期间，因为种种原因，曾为寺，也为庵。为此，还留下了浮玉北堂，是昔日石公寺专门接待女宾之地。至今仍然留下李铎名联“烟雨环绕三山外，吴越平分一水间”。
清代的石公寺就比较有名了。顺治年间，西山显庆禅寺住持进京主持顺治为董鄂妃葬礼举行的佛事活动，贡献卓越，受到顺治的赏识，遂得御书“敬佛”二字带回寺中。至今御墨亭仍然留于石公山腰。显庆禅寺毁后，建有包山禅寺，为现在吴中佛教协会所在地。
1936年，著名教育家、文学家叶圣陶就曾专程游览石公寺，其在该年5月的《越风》杂志上发表了《记游洞庭西山》一文，写道：“隔壁石公寺，石公山归该寺管领。除开一祠一寺，石公山再没有房屋，惟有树木和山石而已”，又在书中表述到:出石公寺向右，经过节烈祠门首，到归云洞。洞中供奉山石雕成的观音像，比人高两尺光景，气度很不坏，可惜装了金，看不出雕凿的手法。”证明了石公寺原址位于石公山顶，现在的地方为上个世纪80年代移建。
1937年，著名音乐家田汉和冼星海即使在战乱期间，仍然不忘游览石公寺，把酒太湖边，探讨家国安危；夜宿石公寺，畅想辉煌诗篇。他们在石公寺前留影，今日仍收录在《田汉文集》之中。
1956年，少林寺高僧海灯法师云游西山，见这里风景秀丽，人杰地灵，就此落脚，在石公寺里当了一名住持。这一住就是十年，期间被推选为吴县政协委员。直到文革中，于1967年被迫离开石公山。在其间，海灯法师除了习武-以外，也热心为本地农民抓药治病，深得当地人好评。时隔二十年后，1987年冬，海灯法师故地重游，特地在石公山住了10天，并在此处树立了梅花桩，建了陈列室，西边一间为他当年修行打坐的禅房，中间为兵器展厅。至今，海灯法师留下的这些文物仍然被完好保存。1989年春初，海灯法师辞别人世，终年87岁，在圆寂之前立下遗嘱，要“归骨石公”。石公山后山建有海灯法师灵骨塔。今日，石公寺已经成为石公山最重要景点，每年接待近10万游客莅临。