万州区博物馆前身系四川省万县地区博物馆，座落在万州区中心地段，馆址滨临长江，与西山公园相邻，环境优雅、交通方便，是一座以收藏、研究、展示三峡历史文物、民风民俗为宗旨的地方性综合博物馆。自一九八八年建成开馆以来，立足三峡，先后举办过“万县地区文物精品展”、“梁平民间工艺美术展”等展览，现馆内基本陈列为“川东古墓葬”、“流水年华记忆万州”、“盐井古象展”三个展览，展览内容具有浓郁的地方特色，全面反映了古代三峡地区的政治、经济和文化面貌，吸引了大量国内外观众。万州区博物馆现已成为国内外游客了解三峡地区人文历史的重要窗口。
万州区博物馆现有馆藏文物4万余件（套），藏品类型分古生物化石、陶器、瓷器、铜器、石器、金银器等，藏品时代上迄新石器时代中晚期，下至明清—二十世纪初期，其中以战国、汉唐、明清时期藏品最为丰富。馆藏文物中最有价值的是带有浓郁巴文化特色的青铜编钟、錞于、柳叶短剑，造型生动的汉代陶俑及工艺精湛的唐代初期“驸马坟”出土的青瓷俑。
根据万州区位于三峡旅游黄金线上及三峡工程重庆库区腹心地带的区位特点，万州区博物馆结合馆内藏品优势，目前推出的基本陈列为《川东古墓葬》、《流水年华——记忆万州》珍贵档案照片展览和《盐井沟古象展》，展览面积2465平方米，陈列实物538件、复制品及模型34件。
随着三峡工程建设的开展，线以下的大量地面、地下文物亟待保护抢救，根据《三峡工程淹没及迁建区文物保护规划》，万州范围内有110处地下文物点、24处地面文物点处于水库淹没线以下。为抢救保护这些文物，万州区博物馆一方面成立协作部门，专门负责全国各地考古队进场后的协作配合工作；另一方面成立了万州博物馆考古队，从1999年以来已陆续承担了万州苏和坪、下中村、大丘坪等十几个地下文物点4万余平方米的发掘任务，抢救出土文物上万件，其中2003年度万州大丘坪墓群的发掘被评为当年重庆库区十大考古发现，专业人员还撰写了大量的考古发掘报告和研究文章。另外，博物馆还担负区内淹没线下7处地面文物点的拆迁和复建工作（淹没线下24处地面文物点中有7处属于异地搬迁复建，其余为原地保护或留取资料），到2008年4月，洄澜塔、刘氏牌坊等已复建完工，以崭新的面貌展现在世人面前，陆安桥等的复建工作正在加紧进行。