清华园原址为清康熙年间所建的熙春园的一部分。道光年间，熙春园被分成东西两个园子，西边的园子起名为“近春园”；东边的园子仍名为“熙春园”。咸丰登基之后，就将东边的熙春园改名为“清华园”了。 清华园是清代咸丰皇帝所赐。
今“清华园”工字厅后面的匾额题“水木清华”四字，两旁有对联一副曰：槛外山光历春夏秋冬万千变幻都非凡境；窗中云影在东西南北去来澹荡洵是仙居。这“水木清华”四字典出晋谢叔源的《游西池》诗，“景昃鸣禽集，水木湛清华。”这“湛”为澄清之意。因工字厅后有池，故有谢氏诗句，题为“水木清华”。
作为皇家园林康熙行宫(御园)的熙春园(清华园的前身)，地域二顷六十一亩，始建于清朝中叶康熙年间，建成于1767年(乾隆32年)，它与北京西郊的圆明园等五个苑囿号称"圆明五园"，时值《红楼梦》前八十回写成不久。
道光年间，熙春园分为东、西两部分，东部仍叫熙春园，赐于五子奕综，西部叫近春园，赐于四子奕（言+宁）（咸丰），俗称"四爷园"；另据近年史学家所见"皇家地图"--圆明园外围水乡图上，近春园处标有"瑞亲王"（即道光四弟绵忻），因此"四爷园"之四爷是奕（言+宁），还是绵忻，尚无定论。咸丰即位将熙春园改为并亲题"清华园"（匾额）。
咸丰十年英法联军焚烧圆明园，兵火殃及近春园，园内七、八幢斋堂轩榭逐渐败破荒芜，被称为"荒岛"。清华园的历史已有233年，据史料记载清华园内曾有皇帝御题匾额11块，她是目前西郊仅存的少数圆明园时代的建筑；这就不难看出保护清华园的重大意义。
1910年，美国用庚子赔款建造的“清华学堂”，即位于清华园内，这就是清华大学的前身。