浙江中医药博物馆于2009年10月30日开馆，坐落在浙江中医药大学23号楼四、五楼西侧，博物馆包括浙江中医药大学校史陈列馆、浙江医史馆和中药标本馆，现已整体搬迁至新馆。
浙江中医药博物馆（新馆）于2019年10月14日落成，位于浙江中医药大学西南侧。
浙江中医药博物馆（新馆）建设项目于2018年4月启动，2018年12月获得省发改委正式批复，2019年1月15日正式开工建设。新馆占地面积共计近5000平方米，布展面积3200平方米，展览区域分三层。
一层是学校校史馆，二层为医史馆，三层为中药馆。
整个博物馆收罗了与中医药有关的无数件珍宝，有些是校友捐赠，有些是外省博物馆赠送，也有些是学校师生一起上山下河采集回来的标本，集成现在的规模。
博物馆最有特色的是中药标本馆，其中有李大鹏院士捐出的一块有胡柚大小的雌雄同体的黄晶体。这是非常罕见的一块石头，一般--和--两种药材都是分开的，这一块雌雄同体，估计价值不菲。动物标本展区内，有一种鼯鼠，它的粪便是著名的中药材五灵脂。
博物馆共收藏名贵药材1800种，其中罕见的药材60余种。除了药材，博物馆还收藏了民间古老的中药方，展示了中药的制作过程以及浙江中医药的发展史。
浙江中医药博物馆对社会免费开放，是中医药教育基地。