杭州胡庆余堂中药博物馆享有“南有胡庆余堂、北有同仁堂”盛誉的胡庆余堂创立于清·同治十三年(1874)。杭州胡庆余堂中药博物馆是中国专业性博物馆，位于浙江省杭州市大井巷。1989年10月胡庆余堂制药厂建厂115周年时在厂内建立，现为国家重点文物保护单位。占地面积2700平方米，于1991年开馆。
在杭州秀丽的吴山北麓，坐落着气宇轩宏、金碧辉煌的古建筑群，这就是闻名遐迩的“江南药王”-胡庆余堂国药号。胡庆余堂是清末著名红顶商人胡雪岩集巨匠、摹江南庭院风格耗白银三十万两于1874年创立。胡庆余堂承南宋太平惠民和剂局方，广纳名医传统良方，精心调制庆余丸、散、膏、丹、精心制备丸散膏丹，济世宁人，因药效显著，被誉为“江南药王”。
胡庆余堂旨在传承我国第一部南宋钦定的《太平惠民和剂局方》制药规范，并在此基础上，逐渐形成了自身独特的中药体系。1934年，成册的《胡庆余堂简明丸散全集》，共收录了482个成药处方，其中冠于“胡氏”处方的就有数十个。如：胡氏秘制益欢散、胡氏秘制镇坎散、胡氏痧气夺命丹、胡氏神效如意保和丸等。胡庆余堂在制药技艺中，也颇具特色。如：斋戒沐浴做辟瘟丹、金铲银锅制紫雪丹、密室诵诀碾龙虎丸、吊腊壳等，这些传统技能，经过一代代技艺精湛的药工之手，在胡庆余堂的特定空间中，一脉相承地延续了下来。
1987年，胡庆余堂在古建筑群内，创办了我国首家中药主题博物馆。中药博物馆以胡庆余堂古建筑为依托，秉“原址保护、原状陈列”之原则，集中药起源、陈列展示、手工作坊、营业大厅和保健诊疗五大部分，展示了大量的中药传统制药器具及上万种中药植物、动物、矿物标本，其中堪称珍品的如7000年前浙江河姆渡文化时期、西汉长沙马王堆、宋代泉州湾沉船等出土的药材等。
1988年，“胡庆余堂”被国务院列入全国重点文物保护单位，占地面积2700平方米，于1991年开馆。
2002年，“胡庆余堂”荣膺中国驰名商标。
2003年，“胡庆余堂”认定为浙江省首届知名商号。
2006年，“胡庆余堂中药文化”列入第一批国家非物质文化遗产代表作。同年，“胡庆余堂”被国家商务部重新认定为“中华老字号”。
创业伊始，胡雪岩即在营业大厅门楣上镌刻上“是乃仁术”四个大字。大厅内高悬“真不二价”金字匾额，尤能使庆余人鉴心明意的是至今仍挂在店堂内侧高3m、宽0.9m的“戒欺”篇，其云：“凡百贸易均着不得欺字，药业关系性命尤为万不可欺……”采办务真,修制务精……“寓托了胡庆人的职业道德和对质量的执着追求，当年胡雪岩为保证急救药“紫彐丹”质量特制的金铲银锅现保存完好，成为佐证和医药行业的珍奇瑰宝。
根正而茂发。百余年来胡庆余堂秉宗奋发不断壮大，特别是近年来在市场经济的大潮中高屋建瓴，锐意改革，崇尚科学，不断创新出现了巨大的变化，以名牌产品胃复春片为龙头的一大批如庆余救心丸，障翳散，小儿泄泻停颗粒，金果钦咽喉片等高新技术产品在继承中医药理论基础上脱颖而出；生产中喷雾制剂、薄膜包衣及高效液相色谱仪、薄层扫描仪等新设备、新仪器的应用以及通过GMP的实施，使药品的质量有了更可靠的保证；1996年迁至的杭海路新厂区，按GMP建造的厂房缀拥在绿茵环抱的草坪中，厂区路平面洁，楼内员工紧张有序的作业，一派欣欣向荣景象；吴山脚下的老厂古建筑群已成为国内首家中药博物馆，全国重点文物保护单位，近经修葺更显熠熠生辉，其丰富的中药文化内涵和精湛 的建筑吸引了海内外大量的游客，不少国家领导人也莅临参观挥毫勉励。
胡庆余堂古建筑博采众长，胡庆余堂中药博物馆位于吴山脚下大井巷内，是由清代红顶商人胡雪岩于光绪四年（1878）创立的庭园式药店，建筑属典型的清代风格，古朴雅致，金碧辉煌。集各家药号大成，结合江南住宅园林特色，选用铁超、银杏、香樟等上乘木材营建，古建筑占地八亩，面积四千平米，分隔为“三进”，呈“前店后厂”布局。建筑四周，筑以高达12米的“神农式”封火墙，墙上 书-有“胡庆余堂国药号”七个大字，20平米见方一个字，将那幢晚清建筑凸显得大气、沉稳而又不失神秘和灵动。整个建筑形制宛如一只仙鹤，栖居于吴山脚下，寓示“长寿”。是一座商业实用性和艺术欣赏性融为一体的晚清木结构古建筑。1988年被国务院列为全国重点文物保护单位。它是我国唯一的国家级中药专业博物馆，享有“神奇的科学殿堂，灿烂的医药文化”之誉。
整个馆分为五个部分：
第一部分为陈列展厅，介绍我国历代医药名人、药物的起源、药物学的发展、中外药物交流、浙江在中国药学发展中的地位和贡献；
第二部分为中药手工作坊厅及兴趣室，这里，老药工可以为参观者表演传统制药工艺参观者还可以动手操作，体验制药乐趣；
第三部分为中医保健门诊室；
第四部分为药膳厅；
第五部分为营业厅。游客到此，不仅可观赏也可亲身在“兴趣室”一试传统药具的操作。还可以在该馆请名家门诊、选购优质中成药产品，品尝有防病强身、延年益寿妙用的药膳风味。
其中有湖南长沙马王堆、浙江余姚河姆渡遗址、浙江良渚文化、宋代福建泉州沉船等出土的珍贵药材文物，有百年前中药生产工具柞床、铜船、大石臼、乳钵、秤等，有盛器──汉代兽面纹铜铣炉、明代宣德炉、清代陶瓷、锡罐等，还有该厂讲求质量精心提炼的珍品工具金铲银锅及开业伊始厂主立下的“戒欺匾”。
博物馆内陈列有《中国中药发展史》、《胡庆余堂发展史》、《中药材及成药标本》。
为了直观了解百年前中药的生产状况，还特设传统中药手工模拟作坊，并进行操作，以供参观。