花桥慈济宫始建於宋绍兴年间（1131-1162年)。祀北宋泉州名医吴本(979-1036军)字华基、号云冲。闽台尊称吴真人、大道公、花桥公、保生大帝。据史志载,其一生“以医名天下,以济人救物为念,而义不取人一钱”、“业医无贵贱,按病授药,如矢破的”。花桥为其生前行医故址。
清光绪四年（1878年）,泉州绅士及商民于花桥宫内倡设泉郡施药局,博采药源,广施民众,以弘扬吴真人业医济世、扶危济困之精神。光绪六年（1880年）改称泉州府施药局。
光绪二十三年（1897年）,泉郡鼠疫猖獗,花桥宫施棺舍药、恤孤扶贫,做了大量救死扶伤、济困赈灾公益善举。是年,改称花桥宫善举公所。施药局隶属善举公所下辖单位,以赠药施医为主,兼办施棺、度岁（年关救济）、平粜赈灾等慈善事业。百余年来深获社会各界善信、热心家和海内外侨胞、港澳台同胞及宗教界人士支持赞助,常年不断捐款送药奉献爱心。
五十年代,曾易名泉州市爱国赠药处。1978年恢复花桥旧名,称为花桥赠药处。1985年3月18日恢复义诊,则沿用今名为泉州花桥赠药义诊所,赠药施医迄今己历121个春秋。