南京崇正书院位于清凉山东麓，与扫叶楼遥遥相望。，为清嘉靖年间督学御史耿定向讲学所筑。又相传地藏王肉身在此坐禅。书院于1980年修复。为清嘉靖年间督学御史耿定向讲学所筑，又相传地藏王肉身在此坐禅。
这里原是明代户部尚书耿天台（字定向）在南京做督学御史时（约1544年）修建。耿曾在此讲学，死后书院被毁，耿的弟弟把书院改为祠堂。后来清代一位叫展西的和尚又把祠堂改成了寺庙。
书院依山势分为三进，一殿与二殿由两边回廊相连接，廊壁墙上开各式花窗，东侧廊壁嵌有两块石碑。二殿与三殿间是开阔青石平台，其东侧有一组山水小景。三殿是公园的制高点，放眼周围一片苍翠，抬头远望，方圆百里尽收眼底，进入大厅，四幅大型壁画跃然醒目，再现金陵春牛首、夏钟山、秋栖霞、冬石城之四季景色。正书院现为“中华奇石馆”，其内陈列神州各地珍奇石头。