现为南京博物院，是中国第一所由国家兴建的现代综合性大型博物馆。1933年4月，在国民党元老、著名学者蔡元培的倡议下，国民政府教育部设立中央博物院筹备处，办公地点设在北极阁中央研究院。中央研究院在人才和经费上对博物院支援良多。院舍工程进行一年多后，1937年7月，抗日战争爆发，敌机对南京频繁轰炸，一日数惊，建筑工程不得不于8月底停下来。
抗战期间，中央博物院筹备处连同所属的文物，迁往四川、云南等地，几经迁徙，于抗战胜利后，又回到南京。日寇占据南京期间，在博物院设有防空总机构，对已完成的部分大加改造，并破坏多处，损失严重。新中国成立后，1950年3月，中央博物院筹备处被正式命名为“南京博物院”。50年代初，人民政府又拨款对博物院的建筑作整修、增建，至此，博物院的第一期建筑工程才算最后完成了。
南京博物院占地面积九万多平方米，建筑面积一万七千平方米，其中陈列室面积四千八百多平方米，文物库房及文物阅览室面积一万多平方米，图书馆库房及阅览室面积八百多平方米。这些为博物院各项事业的开展，准备了较好的条件。
新中国成立后，该院的考古工作卓有成效。50年代初，曾在福建、浙江、安徽、山东等地主持或参与发掘了一些遗址和墓葬，如山东沂南汉墓、福建闽侯昙石山遗址等。1954年以后，一直在江苏境内开展考古调查和发掘工作，先后发现、发掘青莲岗文化、良渚文化、湖熟文化等遗址五百多处，清理发掘古墓葬一千二百多座，出土文物十余万件。
南京博物院现有藏品约42万件，仅次于北京故宫博物院。