祁头山遗址位于江阴市城东黄家宕内，东南距江阴城区约4公里。遗址地处太湖之北，长江南岸。北距长江5公里，东距张家港东山村马家浜文化遗址约7公里；东南距无锡彭祖墩马家浜文化遗址约30公里；西南距青阳南楼崧泽文化遗址约15公里；西距璜土石庄高城墩良渚文化墓地约30公里。总面积约4万平方米。
2000年8月至2001年1月，南京博物院考古研究所联合无锡市博物馆、江阴博物馆对该遗址进行钻探和抢救性发掘，发掘面积约500平方米，清理新石器时代灰坑39座、墓葬137座，出土各类遗物200余件，其中石器18件、玉器17件、陶器219件。
发掘表明，祁头山遗址为相当于马家浜文化时期一处重要的大型聚落遗存。该遗址地层堆积深厚，遗迹间关系复杂，特别是新石器时代墓葬0-土器物独具特色，为本区内新石器遗迹仅见。
该遗址为一处高出地面约2—4米的台地，文化层堆积厚度在3米左右，发掘最深处达3．8米，可分为15层。耕土以下即为文化层，其中④层为大面积红烧土层，钻探表明其分布面积达数千平方米。其中在以发掘的各探方中发现，第④层采用大小不等的红烧土块铺垫，地面以下多见圆形、长方形或弧形的红烧土坑，初步推测与建筑或祭祀遗迹。
发现密集的马家浜时期墓地是发掘最大收获。此次发掘的新石器时代墓葬均位于遗址西北区，该区墓葬层次堆积多达8层，自②层下至⑩a层皆有墓葬分布。各层次和同层次间的叠压打破关系异常复杂。随葬品器物较少，大多1——2件，多者达6件，亦有未见随葬品的少数墓葬。随葬品中实用器占绝大多数，基本器物组合为釜与豆，釜与盆，釜与三足钵，釜与钵，釜与罐等。豆绝大多数敲去豆柄，同盆、钵类一样置于死者头部下，釜则大多数砸碎后置于死者身上或身侧。另外发现有少量的纺轮、支座等。
墓葬内出土随葬品中，早期平底器盛行，而后三足器逐渐盛行起来，晚期圈足器取代三足器成为主要器形。釜类是祁头山遗址的主要炊器，形制较多。以直筒腰檐釜数量最多，占釜的绝大部分，为祁头山一支最具地方特色和代表性器物。该釜制法上、下部分别为泥条盘筑后上、下拼接，下半部以夹蚌陶、上半部为泥质并多--衣，然后在上、下相接处堆帖腰檐，并贴有细长加固泥条。其从早期到晚期变化特征明显，早期多为直口，腰檐上翘，随时代早晚的不同釜下部逐渐加高、变细，腰檐也逐渐近平。除早期豆、钵类多施红彩为特征以外，晚期出现一类戳印纹堆塑彩装饰器物，其装饰方式异于北方的彩陶系统，在本区内除见有少量戳印装饰手法以外，未见堆塑彩这类手法，而在长江中游的早期文化遗存中较为常见。遗址中所出土玉器，除常见的环形玦外，更多的却以管形为主；璜类玉器在晚期出现较多，包括极为少见的一件圆雕蛙型玉器。
祁头山遗址除了具有自身独特性的陶器组合以外，多数器物具有明显的时代特征。如早期矮胖类的直筒腰檐釜同太湖西部宜溧山区骆驼墩、神墩遗址晚期的直筒腰檐釜有前后承接关系，也符合平底釜系统由山区向平原发展的趋势。到晚期祁头山遗址从东部因受到太湖东区圜底釜系统冲击，开始出现圜底釜，而与此同时江淮东部因素文化也在源源不断的影响该遗址。
祁头山可以分为四期：第一期与骆驼墩四层、神墩中层相近，约距今6600—6500年。第二期大致距今6500年左右，相当于彭祖墩遗址第一组⑧层、湖州邱城②层、侯家寨二期偏早。祁头山遗址第三期约距今6500—6400年，相当于侯家寨二期，高庙上层文化偏早。祁头山 址第四期分早晚两段，其早段相当于高庙上层文化，龙虬庄⑦—⑧层，北阴阳营④层下遗存，龙虬庄⑦—⑧层为第一期偏早，年代与祁头山四期早段相当，距今6400年左右，晚段相当于彭祖墩③层下墓葬、圩墩中层、龙虬庄⑥层、北阴阳营④层墓葬，晚段年代距今6300年。
祁头山遗址自2000年发现以来，广受学界关注。它以筒形平底四扳腰沿釜为主要特征的器物群特立独行，显示了与太湖东区马家浜文化固有器物群的明显差异。此前浙江湖州长兴、德清等地发现的一些平底四扳釜，我们得到的启发是祁头山为代表的这类遗存自宜溧山区萌芽后，蓬勃发展，形成南北两路扩张势力。一路向北到长江南岸，筒形四扳釜的炊器形制由矮到高、由粗到瘦，发展过程甚为典型。而另一路南下势力则稍显复杂。釜的形制在平底的基础上以盆形为主，兼有其它形制。
南北两路实力覆盖地区恰如张敏先生所言：呈半月形分布于太湖西区和北区。鉴于祁头山类型遗存器物群的面貌十分独特，发展轨迹比较清晰，分布地区相对稳定，故我们将其命名为一支新的文化类型——祁头山文化。