安徽中医药高等专科学校中医药博物馆建于2010年，由中药标本馆、中国医史馆组成，占地面积6300平方米，展出面积4100平方米,集教学、科研、科普于一体。
中药标本馆以中药标本为主要展示内容的专业展馆，包括标本展示区、数字博物馆体验区和教学实训区三部分。其中，标本展示区主要包括常用药材、道地（地产）药材与皖南地区草本、传统精制饮片、中药伪品、名贵中药材等标本及各种剂型的中成药、OTC中药，集中全面地介绍安徽道地（地产）中药材。数字博物馆体验区以博物馆的展品为数据采集对象，兼收中医药文物图片、文字资料及其学科研究进展，运用现代科技技术展示中医药的源远流长和博大精深。教学实训区主要进行中药饮片识别、中药材传统鉴别、植物腊叶标本制作等专业的教学、实训、实践场所，同时，面向社会开展常用药用植物识别、中药标本趣味制作和中草药植物艺术书签制作等科普教育活动。中国医史馆是以中医药发展历程和成就为主要展示内容的专业展馆，包括中国医学史、安徽地方医学史（“北华佗、南新安”）、芜湖地方医学史3个部分，通过中医典故的形式展示“华佗在世”、“悬壶济世”、“杏林春满”等逸闻轶事；通过医案古籍、名医简介、图片资料等形式呈现中医药发展脉络和主要成就；通过历史遗迹、古迹文物、场景复原等形式彰显安徽医学“北华佗、南新安”、芜湖中药老字号企业张恒春国药堂的地方特色。
安徽中医药高等专科学校中医药博物馆主要通过组织参观馆藏品、开展第二课堂活动、举办专题讲座和报告会等方式普及中医药知识，以潜移默化的方式，在轻松的知识讲解和学习中，大力弘扬传统文化，展示祖国医药学的博大精深，激发前来参观的社会各界人士特别是青少年的爱国热情。