秦堂山遗址位于江苏常州溧阳市上兴镇，2011年被江苏省人民政府公布为“江苏省文物保护单位”。2013年，南博对该遗址进行了第一次考古勘探和试掘，发现遗址总面积约18万平方米，涵盖马家浜文化、崧泽文化、马桥文化和唐宋、明清等不同时期文化遗存，其中马家浜时期文化遗存最为丰富，约4.5万平方米。
2014年12月至2015年11月，南京博物院、溧阳市文物管理委员会再次对该遗址进行发掘。发掘工作分Ⅰ区和Ⅱ区同时进行，发掘面积300平方米。遗址西侧的秦堂山区域为Ⅰ区，清理出马家浜文化墓葬27座，分布密集，部分叠压，均为单人葬，仰身、侧身、俯身同见，人骨保存较差，随葬品不丰富，出土器类有玉珏、璜、石锛、钺、陶鼎、纺轮、网坠等。遗址东侧的毛家山区域是Ⅱ区，清理出马家浜、广富林、马桥文化时期灰坑60多座，马家浜文化房址和大面积烧土堆积各1处。钻探发现，在毛家山北侧存在一条东西走向的大型沟状遗迹，时代、性质等信息尚不明确。
秦堂山遗址位于太湖西部山地地形向东部平原地形过渡的丘陵地带，其马家浜文化遗存和溧阳神墩遗址高度相似，又具有向崧泽文化过渡的明显特点。发现的广富林文化、马桥文化遗存，为认知该区域新石器时代末期到夏商时期文化面貌提供了新的材料。
2011年12月19日，江苏省人民政府将其公布为第七批省级文物保护单位。