圣水寺位于罗源县城南郊的莲花山腰，进深三楹，依山而筑，渐次升高，沿中轴线为山门、天王殿、莲池、钟鼓楼、大雄宝殿、法堂，大殿左侧为栖云洞，右侧为门房和香积厨。
首进天王殿，三开间硬山顶，两边封火山墙。殿后有“泻露池”，即莲池，泉水从石壁涌出，池中栽种荷花，旁有题刻“清池皓月”。“莲峰月色”为罗源八景之首。
第二进为大雄宝殿，单檐悬山顶，面宽五间，中央三间凹入为前廊。殿前两侧为钟鼓楼，殿旁边有客堂，为朱熹客居传学处，手书“南石古道”至今仍在，也称“文公书院”，“书室清幽”亦为罗源八景之一。
客堂边隔拱形小石桥便是栖云洞。该洞为天然石洞，高约三米，口窄内宽，有许多不同朝代的题刻。洞内供奉观音及十八罗汉像，佛台上有石刻云：“住山比丘正心，谨募檀那壹拾玖位，各人舍钱七贯，制造观世音菩萨乙尊，并住世罗汉台拾捌位，安奉供养。岁戊申淳祐捌年玖月拾贰日，造石匠陈曾缘”。洞内有“澄心”古井，泉水特别清甜可口；洞顶有平坦巨岩，称“近日灵台”，旁边一巨石，如仙鹤缩颈，称“眠鹤石”。过数十步又有石似青龙猛虎，故称“龙虎岩”。
第三进为法堂，五开间重檐歇山顶。
寺内另有僧舍利塔四座，其中有开山祖师谏二头陀的祖师塔。
圣水寺始建于宋绍圣三年（西元1096年），寺传承临济宗，开山祖师为谏二头陀，因寺后龙泉岩有人称“圣水”的清泉，故名圣水寺。
淳祐八年（西元1248年）住持僧正心募钱一百三十余贯，由石匠陈会缘打造观世音菩萨及十六罗汉象，供于栖云洞中。
庆元年间，朱熹遭伪学之禁，与其徒刘砥、刘砺迎回长乐，在晦翁岩筑室讲学。期间应罗源名士黄棆之邀来到罗源为《三黄世家宗传》家谱作序和题祠堂匾额，住寺侧黄氏私塾“连茹斋”。黄氏后人将“连茹斋”更名为“文公书院”。
明代，全国寺院开始陈列十八罗汉，圣水寺也请人补雕了两尊雕像。
万历间，圣水寺重建大雄宝殿。
三、建筑衍变：
清道光年间，黄氏后人将文公书院舍予圣水寺，改为客堂和禅房。
“文革-”期间，该寺后方镌有大量宋元明清石刻的龙虎岩被毁。
1980年10月，县人民政府公布圣水寺为第一批县级文物保护单位；
1991年3月，圣水寺栖云洞造像公布为福建省重点文物保护单位。
1993年6月18日，石雕罗汉像被盗4尊，此案及时侦破，7月2日从广东潮州追回。
1994年3月10日，栖云洞的观音像被盗，至今下落不明。
1994年9月12日，一伙窃贼试图偷盗栖云洞罗汉石像，在搬下佛台准备起运时，被寺院人员及时发现，偷盗未遂。
1995年1月30日，一伙窃贼再次潜入栖云洞偷盗罗汉石像，他们砍下七尊罗汉像的头部，逃跑时被寺院人员发现，偷盗未遂。因此次偷盗对罗汉像造成较大破坏，导致第一次申报国家级保护文物未能如愿。
1995年2月27日，漳州龙海市一抢劫团伙闯入寺内，将十八尊罗汉像全部劫走。公安部门虽几经周折，将罗汉石像寻回，但大多已伤痕累累，有的破损严重。
2005年5月30日，十八罗汉像中的代那婆斯尊者被一伙歹徒盗运到宁德，案发后，公安机关追回了被盗雕像。因连续被盗，现栖云洞口已被锁闭，不对香客和游客开放。
2006年，圣水寺栖云洞造像公布为全国重点文物保护单位。