广东内伶仃福田自然保护区建于1984年10月，1988年5月晋升为国家级自然保护区，总面积921.64公顷，它由内伶仃岛和福田红树林两个区域组成，两者为海域分割，是两个相对独立的生态系统。
（一）内伶仃岛
内伶仃岛位于珠江口伶仃洋东侧，地处深圳、珠海、香港、澳门四城市的中间，东距香港9公里，西距珠海30公里，北距深圳蛇口17公里。地理位置为东经113°47′—113°49′北纬22°24′—22°26′之间，面积为554公顷，高潮位480公顷，岛上最高峰尖峰山海拔340.9米。
内伶仃岛原名零丁山或伶仃山，因文天祥当年“零丁洋里叹零丁”而闻名于世。
1951年1月，内伶仃岛解放。1952年部队与地方政府配合，将内伶仃岛100多户居民迁离并分别安置到宝安、珠海、中山、东莞等地居住。自1954年开始，部队在岛上建设了营区、道路、坑道、码头等战备设施，并种植了荔枝等果树。1962年，为解决岛上部队发展需要，宝安县人民委员会将蛇口公社管委会所管辖的18户农民划归岛上部队领导，由部队具体安排生产。1985年裁军后岛上营房和土地移交广州军区，由珠海房地产管理局管理和使用。1995年8月，广州军区珠海房地产管理处将驻岛部队在内伶仃岛上的房地产、营区附属设施及相关资料移交保利南方总公司进行开发。目前，内伶仃岛驻岛部队为深圳警备区内伶仃岛守备分队，人数为8人，营房位于东湾。
在新中国成立后到1990年以前，一直归属深圳管辖。1990年，珠海以1952年12月政务院下发的批准设立渔民县（后改名为珠海县）文件为依据，认为内伶仃岛管辖权应由珠海行使。内伶仃岛管辖权归属争议由此而起。1992年，广东省民政厅下发《关于深圳市与珠海市之间海涂行政界线划定问题和裁决书》，将内伶仃岛划归珠海管辖。2009年9月25日，广东省政府明确内伶仃岛归属深圳市管辖，结束了深圳珠海长达19年的管辖之争。
内伶仃岛峰青峦秀，翠叠绿拥，秀水长流，保存着较完整的南亚热带常绿阔叶林，基本为植物覆盖，以次生林为主。植物种类繁多，有野生维管植物569种，约占广东维管植物总种数的10.2%，其中白桂木、野生荔枝、野生龙眼等为国家重点保护野生植物，其中野生荔枝、野生龙眼是重要种质资源。
野生动物资源也十分丰富，主要保护对象为国家二级保护兽类猕猴，总数达1200多只。此外还有水獭、穿山甲、黑耳鸢、蟒蛇、虎纹蛙等重点保护动物。
内伶仃岛的核心区约178公顷，坐落在南峰坳—尖峰山—东角山的山脊线以南和西南部，至环岛公路为界，水源充足，是猕猴集中的区域。
内伶仃岛是研究生态系统规律与自然保护的理想场所，在监测生态环境变化和预警生态与自然灾害发生方面具有特殊的保护价值，加上岛上文天祥的爱国历史背景，有利于提高市民的环保意识和爱国意识，是开展科普教育和爱国主义教育的重要基地。
（二）福田红树林
福田红树林位于深圳湾东北部，东起新州河口，西至深圳湾公园，南达滩涂外海域和深圳河口，北至广深高速公路，沿海岸线长约9公里，地理坐标为东经113°45′，北纬22°32′，总面积367.64公顷，是全国唯一一个处在城市腹地、面积最小的国家级保护区。
福田红树林与拉姆萨尔国际重要湿地——香港米埔保护区隔水相望(最近距离约300米)，共同组成了深圳湾红树林湿地生态系统，为我国南方重要湿地之一。该处河海交汇，咸淡水混合，并伴有潮汐现象，丰富的有机质和肥沃的水质，为红树林湿地的发育提供了良好的地貌与物质环境。区内的红树 林成带状分布、群落简单，林中最宽处约50米，主要由3个乡土群落(秋茄、桐花树和白骨壤)和1个引种人工群落(海桑和无瓣海桑)组成。
福田保护区中红树林的面积约100公顷，具有丰富的生物多样性，有高等植物175种，其中红树林植物16种，本地自然生长的红树林植物12种，如海漆、秋茄、桐花树、白骨壤、老鼠勒、木榄等。
红树林保护区也是重要的鸟类栖息地，共有鸟类约200种，其中23种为国家重点保护鸟类，如卷羽鹈鹕、海鸬鹚、白琵鹭、黑脸琵鹭、黄嘴白鹭、鹗、黑嘴鸥、褐翅鸦鹃等，其中全球极度濒危鸟类黑脸琵鹭在此处的数量，约占全球总量的15%，据调查，2012年全球有2693只黑脸琵鹭，深圳湾为390只。每年都有数十万只以上长途迁徙的候鸟在深圳湾停歇，是东半球国际候鸟南北迁徙通道上重要的“中转站”、“停歇地”和“加油站”。
福田红树林生态系统是位于深圳和香港两地间的一块绿洲，是大自然赐于深圳市人民的一块瑰宝，对维持地区的生态平衡起着重要作用，被誉为深圳湾旁边的一道绿色长城，具有无可替代的生态、文化和社会价值。保护区内地势平坦、开阔，有沼泽、浅水和林木等多种自然景观，“落霞与千鸟齐飞、静水共长天一色”的自然美景，彰显城市与环境、人与自然和谐共处。福田红树林是展示城市生态文明建设成果的窗口，是深圳市的一张生态名片。