磨脐墩遗址位于金湖县西部，属金湖县戴楼镇官塘乡小集村，中心地理坐标为N32º58′20.39″、E118º55′14.44″，海拔高度为16米。遗址平面呈长方形，南北长300米，东西宽150米，文化层普遍深度为3米。
遗址延续时间较长，文化内涵丰富。地表散见大量遗物，种类有红陶罐、灰陶鼎、灰陶钵、夹砂陶鬲、磨制石器、红烧土块等。
相传，金湖远古是一片海洋，磨脐墩就是海岸边。那里有古老传说。相传磨脐墩是住着大户有钱人家，也说是神仙居住的地方。附近农户有什么红白喜事，都到哪里借酒器碗筷一类的东西。那里有一“转磨”，周而复始，永不停止，说磨的大麦。有一过路人随手抓了一把麦粒带回家。一看，全是金子。后悔没有多抓点了。
1999年江苏人民出版社出版的由马国顺著《历史上的金湖》一书记载：在金湖影响最大的遗址，是磨脐墩遗址。遗址在县城西南12.5公里处。两墩上均遍见红，灰，黑皮陶片，花纹有绳纹，堆纹，几何纹，能辨认器型的有罐，钵，碗，翁，鬲。还发现数十只外表有绳纹的鬲足。
鉴于磨脐墩遗址的重要性，2003年3月，遗址被公布为淮安市第二批文物保护单位。2011年12月，遗址被公布为江苏省第七批省级文物保护单位。