南京清凉寺，始建于南朝，是中国佛教禅宗五家之一------法眼宗的发源地。法眼宗为南唐高僧文益禅师所创，其禅学思想在中国佛教史上具有崇高的地位和价值，影响远及日本、韩国及东南亚，历史意义十分深远。
清凉山即因寺而得名。作为南唐首刹，鼎盛时期的清凉大道场是南京佛教传统文化、清凉山精英文化、金陵地域文化的重要代表，“清凉问佛”更是流传久远的“金陵四十八景”之一。因而，在此国泰民安，佛法昌隆之际，恢复、重建这座千年古寺，不仅能满足海内外佛教徒礼拜祖庭，寻根问祖的心愿，找到法眼宗的“根”，重振法眼宗风，也有利于落实市委关于“整合佛教资源”的指示，填补鼓楼区没有恢复寺院的历史空白，对推进集自然、历史、观光、人文为一体的和谐都市发展有着不可估量的意义。
为此，南京市宗教局、南京市佛教协会与南京市园林局、清凉山公园管理处经过协商，本着循序渐进的原则，于2009年1月将清凉寺原有的一座殿堂及五间瓦房交给佛教界，同年6月20日，举行佛像开光，作为宗教活动场所正式对外开放。