江西鄱阳湖南矶湿地国家级自然保护区位于鄱阳湖主湖区的南部，处在赣江北支、中支和南支三大支流汇入鄱阳湖开放水域冲积形成的三角洲前缘，其主要保护对象是赣江入湖口湿地生态系统以及赖之生存的野生动植物资源。受赣江水流和鄱阳湖特殊水文相互作用，保护区水陆时空更替强烈，湿地处于快速演替之中。保护区总面积3.33万公顷（333平方公里），整体位于南昌市新建县境内的鄱阳湖区，包括南矶乡的全部，以及联圩乡的部分湖区。
因处在赣江口与鄱阳湖的结合部，保护区深受赣江和鄱阳湖水文节律影响。春夏丰水期时，保护区被洪水覆盖，成为鄱阳湖浩瀚水域的一部分，只有南山和矶山两个人居岛屿出露湖面；秋冬枯水期时，水落滩出，保护区显露为赣江三角洲的前缘，呈现河湖交错，洲滩镶嵌的湿地景观。
保护区完整的河口湿地生态系统，为湿地物种提供了类型完备的栖息地，孕育了丰富的生物多样性。
保护区通过综合科学考察（2003年－2005年）记录到维管束植物443种，水生植物156种，浮游动物111种，底栖动物62种，水生昆虫168种，鱼类58种，鸟类205种，两栖动物11种，爬行动物23种，哺乳动物22种。
由于地处赣江、鄱阳湖和长江的关键节点，保护区具有良好的通江性,不仅是鲤、鲫等经济鱼类的重要产卵和育肥场所，也是长江中下游地区青、草、鲢、鳙、鳗鲡、刀鲚、凤尾鱼等洄游型鱼类的主要洄游通道甚至最后的避难所，对于鄱阳湖、赣江和长江渔业资源保护与可持续利用具有重要意义。
保护区处在东亚－澳大利亚水鸟迁飞线路之中，是重要的水鸟越冬地和中继站，在候鸟保护上具有国际意义。205种鸟类中，国家Ⅰ级保护鸟类4种：东方白鹳、黑鹳、白头鹤、白鹤；国家Ⅱ级保护鸟类24种：小天鹅、白琵鹭、花田鸡等；保护区观察到猛禽15种。
保护区拥有80多种水鸟，，其中16种水鸟种群数量达到国际重要湿地的标准。列入IUCN极危物种名录的鸟类2种，濒危的3种，易危的7种。
列入中日、中澳政府《候鸟保护协定》的分别有107种和27种，各占《协定》种类的47%和33%。
保护区典型的入湖口湿地生态系统，是河口自然地理、水文和生态环境监测等学科的天然研究基地，是研究内陆河口湿地生态系统不可多得的场所。
由于紧邻省会南昌，保护区是难得的科普教育基地，具有良好的生态旅游开发潜力。
南矶湿地国家级自然保护区所处的赣江口－鄱阳湖湿地生态系统，还为净化鄱阳湖和长江下游水质起到了重要作用，并为该地区提供了蓄滞洪水、调节气候等多项生态服务功能。