崇圣寺南、北小塔，在大塔西南、西北两面，均距大塔70米，与大塔成等腰三角形，始建于大理国时期。
两塔各高42.20米，为10级八角形密檐式空心砖塔，下有二层台基，下层长20米、宽20米、高0.9米；上层八角形，每边长5.65米，高1.45米。塔身每边长3.97米，壁厚4.4米，中空80厘米。从塔底直通第七层，内架十字形木架。木架正中有直径2.5厘米的方孔，孔中放木轴一根，为建塔时立的中心柱。塔身用砖叠砌出塔檐10层，在各层塔檐之上又用砖砌出模拟木结构建筑的斗拱、平座。各层平座、塔身外面砌出各种佛教崇拜物，第一、三、五、七、九层的平座外饰莲瓣纹，塔身各面正中分别交错饰凸起的宝瓶、彩云托塔。其左、右饰亭阁式、楼阁式注塔，八面转角外饰倚柱。
塔斯社刹自下而上依次为覆釜、宝瓶、火焰珠。伞盖、葫芦状火焰珠。伞盖原以八股鎏金铜条，边接顶层塔檐，上挂铜铃。
南塔塔身佛龛内现存红砂石雕佛像10躯，北塔则仅存5躯。