哈密木卡姆传承中心建筑面积4875平方米，占地面积1600平方米，主体四层。
一层主要有木卡姆传承使用的演艺大厅、教室、宿舍、资料室、外部广场和舞台控制室、库房等；
二层大厅，900多平米，主要沿四周墙壁展示维吾尔十二木卡姆的产生、发展、演变的沿革，以图片、壁画、文字、雕塑等艺术展现形式，全面反映“人类文化遗产的瑰宝——维吾尔木卡姆”的文化形式、特色和内容。大厅空间主要作为冬季中小型展演场地。
三层东部是可容纳60人观看专门演出的展演厅，在这里不仅可以为木卡姆传承人提供排演、演练场地，也是观光者欣赏木卡姆艺术的小型场地。西半部是专门展现哈密木卡姆的产生、传承、发展过程及历史、文化、艺术等方面价值的哈密木卡姆展厅。
四层主要用来展示哈密地区现已申报的各级非物质文化遗产的展览场地。