内蒙古军区司令部遗址，位于内蒙古兴安盟乌兰浩特市兴安北路西侧、科右前旗人民医院门诊楼东侧，现为中国银行兴安盟分行办公楼。
根据《东蒙古人民自治法》规定，东蒙古人民自治政府决定于1946年2月15日组建东蒙古人民自治军，由东蒙古自治政府内防部部长阿思根统一指挥内蒙古东部地区蒙古民族武装。承德“四三”会议后，根据会议精神，将内蒙古地区蒙古民族武装部队统一改编为内蒙古人民自卫军，-任司令员，阿思根任副司令员。1946年6月3日，成立内蒙古人民自卫军兴安省军区，阿思根兼任司令员，朝克巴特尔任副司令员，哈丰阿任政治委员，张策任副政治委员。
1947年11月26日，内蒙古人民自卫军司令部、政治部成立，-任内蒙古人民自卫军司令员兼政治委员，阿思根、王再天任副司令员，1948年1月1日，内蒙古人民自卫军改称内蒙古人民解放军，同时组建内蒙古军区，-任司令员兼政治委员，阿思根(1948年1月31日病逝后，由那钦双合尔继任)、王再天任副司令员。内蒙古军区下辖骑兵第一师、二师、三师、四师、十一师、十六师，卓索图盟纵队，独立三团、五团，警卫团等部，兵力约2万余人。1949年5月13日，内蒙古人民解放军正式编入中国人民廨放军序列，同时组建中国人民解放军内蒙古军区，受东北军区领导，-任司令员兼政治委员，王再天、那钦双合尔任副司令员。
内蒙古军区司令部遗址曾经先后为内蒙古人民自卫军兴安省军区驻地，内蒙古人民自卫军司令部、政治部驻地，内蒙古人民解放军内蒙古军区驻地，中国人民解放军内蒙古军区驻地。
1949年12月，内蒙古军区司令部迁出，遗址改作它用。二十世纪八十年代初，内蒙古军区司令部遗址因城市建设被拆除。