莲花洞，在白龙岗的北坡之上，是沿三迭青龙石灰岩的裂隙溶蚀而形成的一个石洞。莲花洞，四山环合，石罅多生。昔有僧于洞中得龙骨数斛，号白龙洞。洞前一石，状若莲萼，天然自成，故又得此名。清代诗人汪懋麟有“探奇访古洞，玲珑若天辟”之句。洞内颇宽敞，其主洞有12米长，最宽处6米左右，最窄处不到3米。洞内曲折深邃，渐深渐窄。另有三个支洞，分别向东、西和中间的方向延伸，深不可测。莲花洞有双窦，日夜乳泉，莲花石佛皆天然自成，乃经数万年滴水凝聚而成。莲花之奇，不止洞内。而莲花之洞口非常奇特，坐落在一块巨大的飞岩峭壁上面。旧有梵宇，咸丰年间毁为平地，洞旁及山脚下大片碎砖瓦砾，即是明证。
《镇江市志》记载，莲萼石南面，居中刻“云峰”两大字，行书，落款为“敬度王为”和“竹隐上人题”。大家仔细辨认“云峰”二字还是清晰可见的，但是旁边的落款已经模糊不清，其寓意不详。而“云峰”系清代邑人袁亨的字，袁亨在此有诗作，是否巧合？然“敬度王为”不知何许人也。而“竹隐上人”，则为清代莲花洞寺僧，邑人茅润之有《莲花洞赠竹隐》诗作。
由莲花洞北寻山径达于山底，道路之旁有一泓泉水，名曰“逆流泉”。清泉汩汩，自地下徐徐冒出，泉水清澈见底。相传春秋时代，齐国庆封逃到吴国后，居此开凿。因其泉水自东向西，流入葱郁的农田，故名“逆流”。
1981年、2001年和2010年，中国科学院古脊椎动物与古人类研究所、南京博物院等单位先后几次在莲花洞中进行考古挖掘，出土了一批古哺乳动物化石、石制品、石核等，对研究我国古人类的分布及对长江中下游地带动物群的划分、迁徙、演变等提供了重要的依据，增添了莲花洞的神秘色彩。
2011年12月19日，江苏省人民政府将其公布为第七批省级文物保护单位。