南方长城始建于明嘉靖三十三年（公元1554年）竣工于明天启三年（公元1622年）。
南方长城南起与铜仁交界的亭子关，北到吉首的喜鹊营，全长三百八十二里，被称为“苗疆万里墙”，是中国历史上工程浩大的古建筑之一。其中大部分在凤凰古城境内贯穿而过，大致经过新凤凰营、阿拉营、古双营、得胜营、镇溪营、振武营。城墙高约3米，底宽2米，墙顶端宽1米，绕山跨水，大部分建在险峻的山脊上,沿途建有800多座用于屯兵、防御用的哨台、炮台、碉卡、关门，当时沿线一般驻有4000-5000人的军队，最多时曾增到7000人左右。明朝，湘黔边境的苗人被划为生苗和熟苗，生苗是不服从朝庭政府管辖的少数民族，他们因不堪忍受政府的苛捐杂税与民族欺压，经常揭竿而起。为了安定边境地区，镇压-，明朝廷拨出4万两白银，在生苗与熟苗之间修筑起了长城。清朝统治者后来也对苗疆长城作了部分增补修建。也许由于南方少数民族的军事实力不如北方少数民族强大，苗疆长城也就没有修筑得像北方长城那样雄伟壮大，所用石块只有北方长城的1/10到1/6大小。
明清以来，苗疆长城上的石块不断地被当地人拆去建房、垒坎。今天我们只能看到时断时续的城墙和一些保存完好的城堡。苗疆长城是中国长城的一个组成部分不存在任何争议，景点应和北方长城一样加入世界文化遗产之列。