南宋皇城遗址是浙江省重点文物保护单位。位于杭州城南凤凰山东麓宋城路一带。大内有城门3座，南称丽正，北为和宁，东曰东华。皇城内，宫殿巍峨林立，光耀夺目。有金銮殿、垂拱殿、选德殿、福宁殿、勤政殿、复古殿等殿、堂、楼阁约130余座。此外还有华美的御苑直至凤凰山巅。元至元十四年(1277)因为民间失火延及，焚烧殆尽，至明代成为废墟。现遗址上建有军队用房和杭州卷烟厂等大型建筑以及民房，国家文物部门正在进行考古发掘。凤凰山御苑内石刻、石景颇多，规划辟为"南宋故宫遗址公园"。
皇城内部可分宫城内和宫城外两个部分。宫城内分为朝会区、后寝区、后苑区、宫内服务区、东华门宫殿区、慈宁宫区；宫城外主要为北宫门、东华门服务区、东宫区、内府衙署区等等。根据杭州市有关部门最新的框定和测算，南宋皇城大遗址综合保护工程的四至范围为：南至钱塘江，北至庆春路，东至中河(德寿宫遗址)，西至虎跑路——南山路——解放路——延安路一线。与最初定的涵盖范围比，多了一个德寿宫遗址，总面积也从原来的13.8平方公里扩大到14.1平方公里。
而核心区块，也就是南宋皇城遗址，面积约50万平方米，东起馒头山东麓，西至凤凰山，南至宋城路一带，北至万松岭路南。
朝会区
位置基本已经由考古资料所印证，前端较长部分，为并列的垂拱殿和大庆殿，大庆殿后的夯土台较长是因为其后有后殿和延和殿。宋亡后，以垂拱殿为报国寺，可能这时大庆殿已毁，故以延和殿为小仙林寺，实际还是按两路轴线布置。
L形夯土台基前端总长112米，其中向西突出部分长46米。文献记载皇城朝会区垂拱殿、大庆殿形制相同且并列，即位于L形夯土台基前端，其中向西突出部分为垂拱殿。L形夯土台基自前向后依次为大庆殿、后殿、延和殿(孝宗时就后殿拥舍改建)，符合皇宫大朝会区“三大殿”格局(如北京故宫太和、中和、保和三殿)。L形夯土台后两进夯土台根据文献推测应为后寝区，即福宁宫、坤宁宫台基。
后寝区
大庆殿主夯土台后轴线上还有两进夯土，根据文献推测应为福宁宫区，福宁宫在元代改为尊胜寺，尊胜寺有白塔、望江亭。元代郭畀《客杭日记》载：尊胜寺门，俗云望江亭。俯视钱塘江水。按作者的游线先游般若寺后游尊胜寺，由北而南，故尊胜寺在北高岗上。以此推测夯土以及北段为福宁宫为主的后寝区域。
东华门宫殿区
东华门宫殿主要是皇帝单独接见大臣用。其主殿为选德殿。《咸淳临安志》记周必大《选德殿记》：“独辟殿与禁桓之东，名之曰选德”。选德殿是孝宗一朝重要的活动场所，周必大记述：“午时入东华门，过选德殿，其后即球场也，相对由大堂曰水堂，其左为芙蓉阁，右为凌虚阁。”该组建筑在宋亡后就成为以芙蓉阁为中心的兴元寺。
宫内服务区
即北宫门到垂拱殿便门前的道路两侧用房。有御厨、御酒库、御药院、内东门司、造作所等机构，按《南渡行宫记》、《梦梁录》等文献记载，整个区域应该在西侧靠山的位置。